故事发生十多年后。曾经的截瘫的前海军士兵杰克·萨利（萨姆·沃辛顿 饰）永久变身为拥有地球人基因和纳威人基因的“阿凡达”，并与奥马蒂卡亚部落的族长之女奈蒂莉（佐伊·索尔达娜 饰）结为夫妇。杰克已经完全适应了他的新身体和族长的身份，并和奈蒂莉有了三个孩子，还收养了格蕾丝留下的女儿琪莉（西格妮·韦弗 饰）。原本，将地球人赶走后，杰克一家与族人过上了田园牧歌般的生活。然而，原本死去的迈尔斯·库里奇上校（史蒂芬·朗 饰）化身阿凡达重新归来，一心要找杰克和奈蒂莉复仇。为了族人的安危，也为了保护孩子，杰克决定带着家人离开，前往不易被找到的由罗娜尔（凯特·温斯莱特 饰）和特诺瓦里（克利夫·柯蒂斯 饰）领导的海洋部落，展开全新的生活。正当一家人经过重重磨合，终于适应以水构筑的新家园时，新的危机也在慢慢靠近。